Rekonstrukce zahrnuje úpravu a zateplení fasády, která bude doplněna o zdobné prvky. Vymění se okna, dveře a střecha. V přízemí dojde k přesunutí veřejných toalet blíže k čekárně. V 1. patře se zrekonstruují prostory bytových jednotek, podkroví má být připraveno pro budoucí komerční využití. Vstup do budovy a na 1. nástupiště bude bezbariérový, zajistí ho dvě nové rampy. Budova má být hotova příští rok v červnu.
Namísto jednopodlažního objektu, který je nyní k budově přidružen, vzniknou parkovací stání, chodník a zatravněná plocha. Další stání pro auta a kola vzniknou podle architektonické studie města v přednádražním prostoru, kde současně dojde k úpravě autobusových zastávek a chodníků.
Správa železnic zároveň připravuje modernizací trati České Budějovice – Protivín – Písek město, která bude mimo jiné řešit i vyústění plánovaného podchodu a přístup na nástupiště ve stanici.